L'Agència de la Natura permetrà unificar els esforços i els equips per solucionar problemes lligats al medi natural i associades a la realitat de cada unitat territorial, així com elaborar els plans i programes lligats a la protecció dels espais naturals, i fer-ne la gestió integrada. Així mateix, es pretén informar de forma eficient i eficaç en els processos d'autorització d'activitats, planificació urbanística i ordenació territorial per fer més compatible aquestes actuacions amb la conservació del medi natural.